داستان فیلم در مورد نوجوان ۱۶ ساله به نام ژاکوب پورتمن است که یک پناه گاه سری را در جزیره‌ای کشف می‌کند که در آنجا، کودکان غیرعادی که دارای توانایی های خاصی هستند توسط یک زن نگهداری می‌شوند. ژاکوب قصد دارد با کودکان و افراد ساکن در این جزیره آشنا شود ولی متوجه می‌شود که اتفاقاتی درحال وقوع است که ممکن است برای آنها خطرناک باشد…