فیلم سکوت اقتباسی زیبا از رمانی به همین نام است که داستان آن در قرن هفدهم روایت می‌شود. این فیلم درباره سفر دو کشیش جوان به کشور ژاپن است. این دو برای به دست آوردن اثری از استاد خود که شایعه ارتداد آن در همه جا پخش شده است به این کشور سفر می‌کنند اما در طول مسیر اتفاقات و حوادث غیرقابل پیش‌بینی در مسیر آن‌ها قرار می‌گیرد.