فیلم رمز امپراطور داستان یک مامور مخفی به نام خوان است که باید در مورد سیاستمداران و فساد آنها اطلاعاتی کسب کند و به یک نهاد موازی سرویس امنیتی گزارش دهد٬ اما همه چیز طبق برنامه پیش نمی‌رود.