داستان فیلم خانه ای با ساعتی درون دیوارهایش درباره‌ی پسر 10 ساله‌ی تازه یتیم شده‌ای به نام لوئیس برناولت است که برای ادامه‌ی زندگی، به عمارت عمویش، جاناتان برناولت می‌رود. لوئیس پس از مدت کوتاهی درمی‌یابد که عموی وی به همراه یکی از همسایه‌ها...